在帮派系统中至少都有六个不同的帮派挑战副本并且在长安十二时辰中每个帮派挑战副本的机制以及掉落的宝贝也不尽相同，在长安十二时辰中很多个帮派挑战副本都是需要正副三位才可以打开的，要不然的话帮派内的普通玩家是不能够参与帮派内的这些帮派挑战副本的。
帮派内的第一个挑战副本是南蛮秘境副本，在每晚的八点时三位帮主才可以打开南蛮秘境副本的大门，不过每个帮主只可以在帮派中打开一次南蛮秘境副本的大门，挑战了南蛮秘境副本的玩家就可以领取到很多荣耀石奖励。第二个是聚义副本，每个玩家在一个星期内最多只能在长安十二时辰中挑战聚义副本六次，而且玩家还可以在长安十二时辰中协助其他的好友从而让自己的好友挑战聚义副本十二次。
玩家挑战聚义副本可以得到很多不同的背饰材料，而且玩家在聚义副本中也可以得到一些培养背饰的专属道具，第三个是帮派探案副本，这个帮派探案副本需要三个帮派成员一起组队才可以参与，当玩家在长安十二时辰中达到了二百四十级后就可以开启帮派探案副本了。
玩家每完成一次帮派探案副本就可以在长安十二时辰中领取很多成长经验，最后一个是大雁塔副本，大雁塔副本在长安十二时辰中跟上一个帮派探案副本一样也是个组队副本，玩家也需要集结三个好友才可以挑战这个大雁塔副本玩家镶嵌在装备上的宝石就可以直接从大雁塔副本内获取到。
