基地不仅需要雷达来检测外部环境还需要防御机库来保障基地的安全，这个防御机库在雷霆远征中是一个重点防御类型的建筑物，当玩家在提高了防御机库的级别之后那基地的防御能力值在雷霆远征中就可以有所提高，所以说防御机库的安全是跟防御机库息息相关的。
而且玩家可以通过防御机库的防御状态功能来了解基地的详细状况，当防御状态呈现的是基地是完好状况的时候那玩家就可以在雷霆远征中完全的放心了，要是防御状态显示的需修理的状况时那玩家就可以着手修理自己的基地了，当防御机库在保护基地失败之后那么基地就会自燃一个小时，而当基地在自燃时防御机库再一次防御失败之后那此次自燃的时间就会增加半个小时。
基地在自燃状态下时会在雷霆远征中减少防御设施的耐久时间，据说每隔六十分钟之后耐久设施的耐久度就会在雷霆远征中直接减少一千点，而当防御设施的耐久度已经被清空了之后那玩家的这座基地就会任意的跳到其他的空间地图里去。
防御机库的级别上限在雷霆远征中跟雷达是一样的只有四十级，防御机库的级别直接决定着防御机库拥有多少战力值以及防御能力值，当防御机库在处于前十级的时候那防御机库的防御能力值会在九千五百点以内，而防御机库在三十级前那防御机库在雷霆远征中就会拥有一万多点防御能力。
